大学院に入学すると、希望により各グループに配属され研究テーマが与えられます。
大学院在学中は、日当直以外は研究室で実験を行います。卒業後は病棟で研修を続けますが、希望者は引き続き研究を継続するか、国内ないし海外留学も可能です。診療業務を行いながら学位を取得する社会人大学院制度もあります。
また、大学院に入学しないで学位（乙種博士号）を取得するための研究指導も行います。

1.糖尿病グループ

糖尿病原因遺伝子と糖尿病発症の関連、糖尿病・肥満症の分子病態解明、糖尿病治療の臨床的研究埼玉医科大学雑誌の「研究室紹介」のページに当科の糖尿病研究室紹介の原稿が掲載されました。

2.高血圧グループ

インスリン抵抗性や内膜肥厚に対する薬物効果とその機序に関する分子生物学的検討

3.脂質異常症グループ

脂質代謝の基礎的・臨床的研究

4.内分泌グループ

甲状腺癌の分子生物学的研究、内分泌疾患の臨床研究

主として分子生物学的手法を用いた基礎的研究が多いですが、臨床にフィードバックできるような研究を行っています。また、薬効評価などの臨床的な研究も盛んです。