埼玉医科大学 薬理学教室は丸山が平成12年10月に赴任し，新しい研究の方向性を見出す準備を開始した．いわゆるゲノム情報に基づく網羅的研究は，東大や理研など巨大予算および大人数，大規模設備を駆使する研究体制にまかせることとし，いままでの概念を超える新たな研究分野の開拓を目標とする．そのため，効率的ではないとの批判を甘受して，個人がその興味のままに，ある意味では外界の動向から独立して研究を進めることを教室の原則としている．このような方針からこそ真の発見が生まれると信じている。
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主な著作 ＜著作紹介ページはこちら＞
休み時間の薬理学
講談社 2008年2月
イラストレイテッド生化学
石崎 泰樹,丸山 敬 (担当:共著)
丸善 2005年9月
著作から見たジェームズ・ワトソン
石崎 泰樹,丸山 敬 (担当:共著)
丸善 2005年7月
二重らせん、第三の男
長野 敬,丸山 敬 (担当:共著)
岩波 2005年8月
考えよう、わたしたちの体と生き方
丸山 敬
小峰書店 2005年6月
細胞生物学Selected Reviews 2
塚 泰美,岸本 忠三 編 (担当:共著)
中山書店 2004年
ながれの事典
神部 勉 編 (担当:共著)
丸善 2004年
イラスト薬理学
柳澤 輝行,丸山 敬 (担当:共著)
丸善 2004年
生化学辞典
東京化学同人 2008年2月
オックスフォード精神医学
丸善 2007年1月
症例ファイル生化学
丸善 2006年11月
イラスト薬理学
丸善 2006年1月
カッツングコア薬理学7版（翻訳）
丸善 2006年1月
カッツング薬理学（第9版
柳澤 輝行, 飯野 正光, 丸山 敬, 三澤 美和 (担当:共著)
丸善 2005年8月
人はなぜ痴呆になるのか 丸山 敬、西道 隆臣
丸善 2000年5月
主な論文